一、细菌性病原的分离、培养及鉴定：
包括沙门氏菌、大肠杆菌、志贺氏菌、李斯特氏菌、副溶血性弧菌、结核杆菌、气单胞菌等对人畜有一定危害性的细菌性病原体和其它细菌病原，其检验均要求在无菌条件下进行，而前者因对人体有害还有防止操作人员感染的要求，故此应有专门的细菌检验室（无菌室），既满足无菌要求，又能防止病原感染和扩散。最好在P2级实验室中进行。
二、病毒性病原的分离、培养及鉴定：
应能进行禽流感、新城疫、鲤春病毒等高危病毒的分离培养和鉴定，要求有两间无菌室，一间作为组织细胞培养实验室，仅从事传代细胞及鸡胚的培养和冻存，以及制备各种原代细胞和次代细胞供检疫用，不使用任何病原微生物；另一间作病原的分离培养和鉴定，同样要求防止病原感染和扩散。细菌和病毒的无菌室要分开，且不能共用仪器设备，如离心机、温箱、冰箱等。其它病原微生物如衣原体等，也可在病毒室内进行检疫。
三、血清学及免疫学检测项目：
包括禽流感、新城疫等多种动物疫病的血清学及免疫学检测，要求有一间专门的免疫学实验室，最好是P2级别的实验室。
四、监床检验室：
包括一间动物解剖室和一间组织病理室，进行动物普通疾病及寄生虫病的检查和动物临床检查，以及对死亡动物尸体进行剖检和组织病理检查。
五、出、入境动物隔离饲养及试验动物饲养：
应设立出口水生动物隔离饲养室、进口水生动物隔离饲养室，设置水族箱；禽鸟隔离饲养室，有专用笼具，拉铁丝网防止逃逸；爬行动物隔离饲养室和小动物隔离饲养室（主要针对宠物的隔离饲养，要求有多个单笼）。每个隔离饲养室均要求严防动物逃逸和野生啮齿动物窜入，有独立的通风系统和污水处理系统。
还应有一间实验动物室，饲养实验动物供检疫试验用。
六、分子生物学实验室：
进行有关动物疫病的分子生物学检测，公用。
七、理化室：
进行药残、农残检测用，公用。
八、其他：
贮藏室、毒种菌种保存室、无害化处理室（要有动物尸体焚烧炉、高压灭菌装置和排气消毒措施）、镜检室、仪器室，公用。
